MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD chromosome

Total Repeats: 23976

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016842	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	378972502
2	NC_016842	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
3	NC_016842	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	378972502
4	NC_016842	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	378972502
5	NC_016842	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	378972502
6	NC_016842	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972502
7	NC_016842	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972502
8	NC_016842	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
9	NC_016842	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972502
10	NC_016842	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
11	NC_016842	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
12	NC_016842	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	378972502
13	NC_016842	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	378972502
14	NC_016842	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972502
15	NC_016842	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
16	NC_016842	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	378972502
17	NC_016842	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
18	NC_016842	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972502
19	NC_016842	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
20	NC_016842	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	378972502
21	NC_016842	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	378972502
22	NC_016842	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
23	NC_016842	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	378972502
24	NC_016842	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972502
25	NC_016842	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972502
26	NC_016842	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	378972502
27	NC_016842	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972502
28	NC_016842	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972502
29	NC_016842	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	378972502
30	NC_016842	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378972502
31	NC_016842	GTG	2	6	1428	1433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016842	T	7	7	1483	1489	0 %	100 %	0 %	0 %	378972503
33	NC_016842	A	6	6	1494	1499	100 %	0 %	0 %	0 %	378972503
34	NC_016842	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972503
35	NC_016842	TG	3	6	1519	1524	0 %	50 %	50 %	0 %	378972503
36	NC_016842	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	378972503
37	NC_016842	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972503
38	NC_016842	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972503
39	NC_016842	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972503
40	NC_016842	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	378972503
41	NC_016842	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972503
42	NC_016842	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378972503
43	NC_016842	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	378972504
44	NC_016842	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	378972504
45	NC_016842	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972504
46	NC_016842	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	378972504
47	NC_016842	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
48	NC_016842	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972504
49	NC_016842	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
50	NC_016842	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	378972504
51	NC_016842	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972504
52	NC_016842	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	378972504
53	NC_016842	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
54	NC_016842	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972504
55	NC_016842	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	378972504
56	NC_016842	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	378972504
57	NC_016842	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972504
58	NC_016842	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	378972504
59	NC_016842	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972504
60	NC_016842	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972504
61	NC_016842	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
62	NC_016842	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972504
63	NC_016842	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972504
64	NC_016842	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972504
65	NC_016842	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
66	NC_016842	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	378972504
67	NC_016842	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972504
68	NC_016842	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972504
69	NC_016842	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972504
70	NC_016842	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	378972505
71	NC_016842	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	378972505
72	NC_016842	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972505
73	NC_016842	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	378972505
74	NC_016842	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	378972505
75	NC_016842	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	378972505
76	NC_016842	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	378972505
77	NC_016842	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	378972505
78	NC_016842	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972505
79	NC_016842	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	378972505
80	NC_016842	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972505
81	NC_016842	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378972505
82	NC_016842	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	378972505
83	NC_016842	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972505
84	NC_016842	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378972505
85	NC_016842	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972505
86	NC_016842	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	378972505
87	NC_016842	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972505
88	NC_016842	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972505
89	NC_016842	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	378972505
90	NC_016842	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972505
91	NC_016842	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	378972506
92	NC_016842	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	378972506
93	NC_016842	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	378972506
94	NC_016842	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972506
95	NC_016842	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	378972506
96	NC_016842	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972506
97	NC_016842	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972506
98	NC_016842	TC	3	6	4346	4351	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_016842	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_016842	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
101	NC_016842	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
102	NC_016842	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	378972507
103	NC_016842	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	378972507
104	NC_016842	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378972507
105	NC_016842	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	378972507
106	NC_016842	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
107	NC_016842	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
108	NC_016842	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972507
109	NC_016842	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
110	NC_016842	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
111	NC_016842	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378972507
112	NC_016842	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
113	NC_016842	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	378972507
114	NC_016842	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
115	NC_016842	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378972507
116	NC_016842	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378972507
117	NC_016842	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378972507
118	NC_016842	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
119	NC_016842	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	378972507
120	NC_016842	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972507
121	NC_016842	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	378972507
122	NC_016842	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
123	NC_016842	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
124	NC_016842	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972507
125	NC_016842	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378972507
126	NC_016842	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
127	NC_016842	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	378972507
128	NC_016842	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	378972507
129	NC_016842	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	378972507
130	NC_016842	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378972507
131	NC_016842	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972507
132	NC_016842	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	378972507
133	NC_016842	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
134	NC_016842	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378972507
135	NC_016842	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	378972507
136	NC_016842	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972507
137	NC_016842	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972507
138	NC_016842	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	378972507
139	NC_016842	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378972507
140	NC_016842	GT	3	6	6728	6733	0 %	50 %	50 %	0 %	378972507
141	NC_016842	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972507
142	NC_016842	GCGT	2	8	6765	6772	0 %	25 %	50 %	25 %	378972507
143	NC_016842	GT	3	6	6771	6776	0 %	50 %	50 %	0 %	378972507
144	NC_016842	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972507
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158	NC_016842	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378972509
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174	NC_016842	AT	4	8	8573	8580	50 %	50 %	0 %	0 %	378972510
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253	NC_016842	CGT	2	6	12298	12303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972511
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259	NC_016842	G	10	10	12479	12488	0 %	0 %	100 %	0 %	378972512
260	NC_016842	GA	3	6	12513	12518	50 %	0 %	50 %	0 %	378972512
261	NC_016842	GT	3	6	12521	12526	0 %	50 %	50 %	0 %	378972512
262	NC_016842	GGT	2	6	12577	12582	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378972513
263	NC_016842	TGT	2	6	12597	12602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378972513
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265	NC_016842	GGA	2	6	12655	12660	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378972513
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270	NC_016842	CTG	2	6	12990	12995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378972513
271	NC_016842	TGA	2	6	13009	13014	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972513
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278	NC_016842	GAA	2	6	13270	13275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972513
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302	NC_016842	CG	3	6	14302	14307	0 %	0 %	50 %	50 %	378972514
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394	NC_016842	GAA	2	6	19555	19560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378972517
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397	NC_016842	GAT	2	6	19616	19621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972517
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399	NC_016842	TTGCG	2	10	19722	19731	0 %	40 %	40 %	20 %	378972517
400	NC_016842	ATG	2	6	19776	19781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378972517
401	NC_016842	GTTA	2	8	19792	19799	25 %	50 %	25 %	0 %	378972517
402	NC_016842	A	6	6	19889	19894	100 %	0 %	0 %	0 %	378972517
403	NC_016842	CG	3	6	19912	19917	0 %	0 %	50 %	50 %	378972517
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487	NC_016842	GA	4	8	24492	24499	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_016842	CAA	2	6	25241	25246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378972519
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